Para la gestión y coordinación de todas las actividades que llevamos a cabo, la FAGIC cuenta con dos órganos de gobierno: la Asamblea General y la Junta Directiva.

La Asamblea General está compuesta por los representantes de las asociaciones federadas. Es el órgano supremo de la Federación y sus funciones son las de decidir las directrices de acción, establecer los obejtivos principales y prioritarios, aprobar las cuentas, aprobar la composición de las asociaciones miembras y escoger de foma bianual la Junta Directiva.

La Junta Directiva asume la responsabilidad de la Federación durante los dos años que dura su elección y es la que representa a la entidad ante asociaciones e instituciones. La Junta presenta a la Asamblea los gastos anuales, el presupuesto previsto y una memoria de los proyectos realizados. También se encarga de presentar una propuesta del próximo ejercicio.